百泰派克生物科技：蛋白质谱测序客户案例
期刊：Molecular Therapy；影响因子：12.9150
原文链接：DOI: 10.1016/j.ymthe.2021.01.005
研究对象：肺动脉平滑肌细胞（PASMCs）
研究目的：探究lnc-Rps4l编码的肽是否参与缺氧诱导的PASMC增殖
研究手段：蛋白质组学测序等
研究内容及结论：缺氧引起的肺动脉平滑肌细胞（PASMCs）增殖是肺动脉高压（PH）的重要病理过程。预防PASMCs增殖可有效降低PH死亡率。长非编码RNA（lncRNA）参与增殖过程。最近的证据表明，由lncRNA编码的功能肽在细胞病理生理过程中起着重要作用。先前的研究表明，具有高编码能力的lnc-Rps4l在缺氧条件下介导PASMCs增殖。在这项研究中假设lnc-Rps4l编码的肽参与缺氧诱导的PASMC增殖。生物信息学、免疫荧光和免疫组织化学证实，在低氧条件下，pASMCs中存在lnc-Rps4l编码的40S核糖体蛋白S4 X亚型多肽（RPS4X）。用MTT法、溴脱氧尿苷（BrdU）掺入法和免疫荧光法检测RPS4XL对缺氧性PASMCs增殖的抑制作用。通过生物信息学、免疫共沉淀（CoIP）和质谱分析，鉴定出RPS6与RPS4XL相互作用。此外，LNC-Rps4l编码的多肽RPS4XL通过与RPS6结合并抑制RPS6在p-RPS6（Ser240+Ser244）位点的磷酸化来抑制RPS6过程。这些结果系统地阐明了Rps4l编码的多肽RPS4XL在PASMCs增殖中的作用和调控网络。这些发现为早期诊断提供了潜在的靶点，并为治疗缺氧PH提供了主要化合物。
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利用蛋白质谱测序技术表征Rps4l 编码的蛋白，为了确认该肽段的aa序列，将ORF-FLAG质粒转染到PASMCs中，再使用抗flag抗体进行共免疫共沉淀，最后切出与肽的预测分子量相对应的凝胶条带进行质谱分析，结果检测到Rps4l编码的RPS4XL肽的几个特异性肽段。生物信息学分析预测，RPS6、EHMT2和NANOG与rps4l编码的多肽RPS4XL相互作用，然而，CoIP和质谱分析表明，只有RPS6而不是EHMT2或NANOG与RPS4XL相互作用。
参考文献：Li Y, Zhang J, Sun H, et al. lnc-Rps4l-encoded peptide RPS4XL regulates RPS6 phosphorylation and inhibits the proliferation of PASMCs caused by hypoxia[J]. Molecular Therapy, 2021, 29(4): 1411-1424.
